公元2199年。大和号从目地伊斯坎达尔得到了“波动引擎”，离开大麦哲伦银河，但是却突然在大麦哲伦银河外围遭到神秘机动部队的攻击。他们是白色彗星帝国的军队，指挥官是古塔巴远征军大都督“雷鸣的格兰·达加木”，他要求舰队交出大和号。大和号不想与他开战，只想尽快赶回地球，但是他却使用超越空间的神秘武器对大和号发动猛攻。神秘武器名叫“火焰直击炮”，是白色彗星帝国自豪的新式武器。大和号在千钧一发避开了攻击，但是却迷失在浅灰色的异空间中。大和号鬼使神差地驶向了那个神秘的星球。为了收集情报，古代、桐生、泽村、新见和相原5个人都在星球上降落。来到地面后，他们发现了一艘不该出现在这里的“船”。达加木追着大和号也进入了浅灰色的异空间中。这个星球是他们正在寻找的重要星球。达加木为了消灭大和号，把火焰直击炮对准了星球的方向…